В 1612 г., во время борьбы с польско-шляхетской интервенцией, народное ополчение, которое возглавляли Кузьма Минин и Димитрий Пожарский, с боем вошло в Кремль через Никольские и Спасские ворота. Москва была освобождена от интервентов.
В XVII в. Никольские ворота служили главным образом для въезда к боярским и монастырским подворьям в Кремле.